Начав реализовывать вчерашние идеи с изолированными комментариями, пришел к выводу - а почему бы не усилить изолированность. Плюсы - комменты будут поедать ровно столько памяти, сколько весят. Например сейчас имеется общий массив комментаторов (здесь и далее рассуждения про файловую версию движка). Общий массив авторов комментов хорош в одном случае - когда много комментариев от одних и тех же людей. Если же у поста один раз отмечается комментатор, то он будет только обременять общий массив. Можно отказаться от общего списка, но тогда становится затруднительным набрать статистику по каждому комментатору, а точнее - как определить количество комментариев одного комментатора? Перебирать все посты и комментарии к ним? Две сотни постов означают две сотни файлов, которые необходимо будет последовательно открыть для набора статистики. Как вариант можно сделать общий массив комментаторов, где будет указаны посты и количество комментов. Назначения этого массива - когда добавляется новый коммент, то будет обновлен этот массив. Для отображения комментариев общий массив авторов дергаться не будет. То есть назначение общего массива - статистика для модерирования. С другой стороны, если отказаться от фичи "показывать линк после двух комментов", то общий массив авторов не нужен. Отказ от общего массива авторов приведет также к невозможности посмотреть всю подписку одного автора, или удаления всех комментов одного автора.

Поэтому пока остался на развилке - либо оставить все по старому (что почти невозможно, точнее не хочется), либо сделать с минимумом, а существующие фичи оставить только в версии с бд. Также думаю про задержанные комменты, что их тоже не следует хранить в общем месте. Можно также придумать сложный вариант с подгружаемыми авторами: есть общий массив комментаторов, а когда показывается список комментов, то подгружаются авторы комментов в одном посте. Типа оверлеи как в старом досе. По правде говоря, мне не хочется делать такие сложности в файловой версии, потому что в в версии с бд все эти хитрости не нужны, а на поддержку/исправление ошибок в сложных алгоритмах файловой версии не хочется тратить время и силы.

На настоящий момент я оставлю общий массив комментаторов, а после отладки версии на бд переведу свои сайты на версию с бд. Дальнейшей оптимизации файловой версии я особо не вижу.